Tarhaomenapuuta on viljelty vuosituhansien ajan ja sen syntyhistoriasta on edelleen epäselvyyttä. Keskiaasialaisella villiomenapuulla, eevanomenalla (M. sieversii) on todennäköisesti keskeinen rooli tarhaomenan historiassa. Tien-shan-vuoriston omenametsiä 1930-luvulla tutkinut kasvinjalostaja Nikolai Vavilov arveli tämän ainoan suurihedelmäisen villiomenalajin syntyneen ilman ihmisen jalostustyötä; sitä levittivät erityisesti karhut, jotka syövät isoja hedelmiä. Ihmisen avustuksella eevanomena kulkeutui jo Antiikin ajalla silkkitietä myöten Kiinaan ja Välimerenmaihin, minkä jälkeen se on mahdollisesti risteytynyt muiden villiomenien kanssa. Vavilovin näkemyksen mukaan viljelty tarhaomena ja villi eevanomena ovat alkujaan yhtä ja samaa lajia, ja tämä näkemys on saanut tukea viime aikojen geneettisistä tutkimuksista.
Nykyisin tarhaomena on levinnyt ihmisen myötä kaikkialle maailmaan, ja se on suurimman sadon tuottava viljelyhedelmä maailmassa. Nimettyjä lajikkeita on tuhansia, Suomessakin useita satoja. Asianmukaisen hedelmäviljelyn käynnistäminen Mustilan kartanon mailla kuului myös A. F. Tigerstedtin suunnitelmiin hänen tullessaan Mustilan isännäksi 1901. Omenapuita kuitenkin istutettiin lähinnä kartanon asuin- ja talousrakennusten pihapiireihin, ei niinkään varsinaisen Arboretumin alueelle.
2000-luvun puolella Arboretumiin on istutettu koemielessä uusia, pääasiassa virolaisia ja venäläisiä omenalajikkeita, joita Suomessa on kokeiltu vähän. Eräillä niistä on ruusuomenapuulta (M.floribunda) periytyvä immuniteetti omenarupea vastaan, mistä johtuen ne soveltuvat hyvin luonnonmukaiseen viljelyyn.
Valkoisena pilvenä kukkiva marjaomenapuu on kotoisin Kaukoidästä. Se on pienehkö, juurivesaton puu, joka aluksi kaljuversoisena ja pystykasvuisena kehittää leveän latvuksen. Mustilassa sen tapaa sekä Pähkinärinteessä että Etelärinteellä isojen douglaskuusten länsipuolella. Marjaomenapuu saattaa aikaa myöten kasvaa lähes kymmenmetriseksi, joten se ei mahdu kovin pieniin tiloihin. Sen oksat ovat orattomia, ja oksahaarat siirottavat usein sivulle ja lopulta alaspäin.
Puu on hyvin talvenkestävä. Se kukkii touko–kesäkuussa valkoisin, tavallisesti nelikukkaisin sarjoin. Silloin se on komeimmillaan, ja tuo loisto oikeuttaisi lisäämään puun käyttöä julkisilla viheralueilla. Hedelmä on marjamainen, hapankirsikkaa pienempi, useimmiten punainen omena, joka varistaa verhiönsä kärjestään. Nämä pikkuiset, kirpeät omenat pysvät puussa vielä lehtien pudottuakin. Syysväritys on keltainen, joinakin vuosina hyvinkin vaikuttava.
Pohjoiskiinalainen muunnos var. mandshurica on hedelmiltään ja lehdiltään nimimuunnosta suurempi.
Tarhaomenapuuta on viljelty vuosituhansien ajan ja sen syntyhistoriasta on edelleen epäselvyyttä. Keskeinen rooli on ollut keskiaasialaisella Malus sieversii -lajilla, joka on saanut suomenkieliseksi nimekseen eevanomena. Tien-shan-vuoriston omenametsiä 1930-luvulla tutkinut kasvinjalostaja Nikolai Vavilov arveli tämän ainoan suurihedelmäisen villiomenalajin syntyneen ilman ihmisen jalostustyötä, erikoistumalla leviämään isoja hedelmiä syövien karhujen avustuksella. Tämä omenapuu kulkeutui jo Antiikin ajalla silkkitietä myöten Kiinaan ja Välimerenmaihin, minkä jälkeen se on mahdollisesti risteytynyt muiden villiomenien kanssa. Vavilovin näkemys, jonka mukaan viljelty tarhaomenapuu ja villi eevanomenapuu ovat yhtä ja samaa lajia, on saanut tukea viime aikojen geneettisistä tutkimuksista.
Nykyisin tarhaomena on levinnyt ihmisen myötä kaikkialle maailmaan ja se on suurimman sadon tuottava viljelyhedelmä maailmassa. Nimettyjä lajikkeita on tuhansia, Suomessakin useita satoja erilaisia. Asianmukaisen hedelmäviljelyn käynnistäminen kartanon mailla kuului tietenkin A. F. Tigerstedtin suunnitelmiin hänen tullessaan Mustilan isännäksi 1901. Varsinaisen arboretumin alueelle omenapuita kuitenkin istutettiin vain pihapiireihin.
2000-luvun puolella arboretumiin on istutettu koemielessä uusia, lähinnä virolaisia ja venäläisiä omenalajikkeita, joita Suomessa on kokeiltu vähän. Eräillä niistä on ruusuomenapuulta (Malus floribunda) periytyvä immuniteetti omenarupea vastaan, mistä johtuen ne soveltuvat hyvin luonnonmukaiseen viljelyyn.