В природе можжевельник казацкий произрастает в юго-восточной части Европы, в Альпах и Карпатах, в Восточной Сибири, а также в Средней Азии на высотах 1000–3300 метров над уровнем моря. Обычно он встречается на границе лесного пояса в горах и в кустарниковых ярусах нагорных лесов. В Восточной Азии произрастает разновидность можжевельника казацкого, можжевельник даурский (J. sabina var. davurica), взрослые экземпляры которого имеют также иглоподобные листья. Европейский можжевельник казацкий имеет только чешуевидные иголки.
Можжевельник казацкий представляет собой низкий, разрастающийся вдоль поверхности земли кустарник, однако иногда из него может вырасти небольшое дерево высотой 3–5 метров. Он переносит сильную засуху и дневной солнцепек и нередко растет на южных склонах, где другие деревья не могут с ним соперничать. Как и другие можжевельники, он является двудомным растением. На пестичных растениях образуются маленькие, иссиня-черные овальные шишки-ягоды. Можжевельник является чрезвычайно ядовитым растением. Его листья и ветки содержат ядовитое масло, которое в жаркие дни источает сильный запах и раздражает кожу при одном лишь прикосновении. Несмотря на это можжевельник казацкий является популярным декоративным растением и продается в виде целого ряда разных сортов.